Varpėnai es una aldea en el municipio de distrito de Jonava, en el condado de Kaunas, Lituania. Varpėnai se encuentra a 91 m de altitud. Su población es de 9 habitantes. La ciudad grande más cercana es Jonava, a 5,0 km al sureste. Entre los lugares de interés cercanos: Fuerte Noveno (31 km), Museo Nacional de Arte Mikalojus Konstantinas Čiurlionis (33 km) y Open-Air Museum of Lithuania (28 km). Entre los parajes naturales: Vainiai poplar (2,2 km).